В 1988 г. окончил педиатрический факультет 2-го МОЛГМИ им. Н. И. Пирогова.
С 1988 г. – сотрудник кафедры детской хирургии Российского государственного медицинского университета имени Н. И. Пирогова.
Кандидатская диссертация защищена в 1993 г. на тему «Остеохондропатии области коленного сустава у детей».
Докторская диссертация на тему «Дистрофические кисты костей у детей (морфология, клиника, диагностики, лечение)» защищена в 2004 г.
В 2007 г. присвоено ученое звание профессора.
Имеет высшую квалификационную категорию по специальностям «детская хирургия» и «ортопедия-травматология».
Член Российского артроскопического общества, Российской ассоциации детских хирургов, Московского хирургического общества (секция детской хирургии). Член Академии медико-технических наук РФ (академик).
Является руководителем медицинского совета Департамента здравоохранения города Москвы по экспертизе результатов лечения повреждений и заболеваний опорно-двигательной системы у детей.
Награжден медалью «За трудовую доблесть», премией «Призвание» лучшим врачам России за создание нового направления в медицине, почетной грамотой Министерства здравоохранения и социального развития Российской Федерации, знаком «Отличник здравоохранения».
Опубликовано более 300 научных работ. Соавтор 8 изобретений, 3 монографий, учебника «Хирургические болезни детского возраста» и национального руководства «Детская хирургия». Под руководством Д. Ю. Выборнова защищено 9 кандидатских диссертаций.
Область научных интересов: управляемый остеогенез в травматологии и ортопедии, артроскопия, малоинвазивная хирургия суставов, остеосинтез в травматологии.